다양한 생물이 공존하는 초록이 우거진 행성이었지만, 대규모의 전쟁과 환경 파괴에 의해 빙하기가 도래하고, 인류는 부득이하게 지하에 대규모로 이주할 수밖에 없었다.
오래 지속된 빙하기의 끝과 함께, 인류는 지하에서의 연구를 바탕으로 지구를 푸른 행성으로 복원할 계획을 개시했다. 같은 시기에 수수께끼의 혜성이 지구에 낙하하는 사고가 발생했지만, 생태계 복원은 순조롭게 진행되어, 인류는 지상에서 살 수 있는 환경을 되찾았다.
──그리고 수백 년 후.
로봇 공학 분야에서 이름을 날리는 천재 소년, 제이슨 프러드닉. 그는 어느 날, 본 적도 없는 생물을 발견한다. 어떤 자료에도 기재되지 않은 생물에게 호기심을 자극받은 제이슨은 그 생물에게 '프레드'라는 이름을 붙이고 조사를 시작하지만, 순식간에 놓쳐버린다.
제이슨은 프레드를 쫓아서, 한때 인류가 살았던 지하 세계로 발을 들이게 되었다. 그리고 거기서 한 대의 차량과 우연히 만난다. '소피아-III'라고 새겨진 그 차량은 제이슨의 탑승을 재촉하듯이 조종석을 열었다. 제이슨은 프레드를 데려오기 위해서, 소피아-III를 타고 모험을 떠나는 것이었다.
──지하에서 꿈틀거리는 수수께끼의 존재를 모른 채로.